三叉神经痛的病因是由单纯疱疹病毒引起的，它是疱疹病毒科A病毒亚科，病毒的质粒大小约为一百八十纳米。根据抗原性的不同把单纯疱疹病毒病毒分为一型和二型。一型主要从口唇病灶获得，二型从生殖器病灶分离到。

三叉神经痛的病因是由单纯疱疹病毒引起的，它是疱疹病毒科A病毒亚科，病毒的质粒大小约为一百八十纳米。根据抗原性的不同把单纯疱疹病毒病毒分为一型和二型。一型主要从口唇病灶获得，二型从生殖器病灶分离到。人与人的接触会造成感染。从感染发生后的4个月到数年感染人数可达人口总数的百分之五十到百分之九十，是最易侵犯人的一种病毒，但在临床中只有一部份发病。此病可分为：疱疹性皮肤炎、口唇性疱疹、疱疹性角膜炎、卡波西病、阴部疱疹等，有时也是脑炎、脑膜炎的病因。口唇部疱疹一般比较容易诊断，因日晒、发热等刺激因素会引起复发。该病毒可在鸡胚绒毛尿囊膜上及人、猴、鸡等的动物培养细胞中大量地增殖。此外，二型病毒对田鼠细胞等有转化的作用。还怀疑疱疹病毒与人类的宫颈癌有联系。

在普通人群中，单纯性疱疹性脑膜炎可以引起死亡，而在三叉神经痛患者却往往能够痊愈。大脑皮层是人体的最高生命中枢，三叉神经系统任何病灶所产生的疼痛，均通过大脑皮层反映出来。有人认为疱疹病毒或单纯性疱疹病毒所引起的病毒感染，可能沿三叉神经系统的传入通路侵入到三叉神经分布的相应大脑皮层，使三叉神经疼痛发作。

人疱疹病毒或单纯疱疹病毒通过三叉神经进入，感染并潜伏于三叉神经节内，被认为是三叉神经痛的病因之一。

三叉神经痛患者并发单纯性疱疹的几率远较正常人群高，两者可发生在三叉神经的同一分支区域，而且在该区域可以多次出现单纯性疱疹发作。当疱疹的水泡破溃后再发的疱疹可以再同侧，也可以再对侧。

可见三叉神经痛与单纯性疱疹之间可能存在着联系，同时中枢也可能是引起三叉神经痛病变的原因。