脑膜炎菌的细胞外层多糖，可抵抗人体白细胞的吞噬作用，因此在人体尚未产生多糖抗体前，入侵的脑膜炎菌可在机体组织和血循环的细胞外大量生长。受染人体与细菌斗争的结局是带菌或发病。

人体产生有效多糖抗体一般在第五天左右。这些抗体必须在补体和调理素的辅助下才能发挥吞噬细胞的噬菌能力，细菌被吞入白细胞内后在溶酶体和多种抗菌物质的作用下死亡。近期研究发现，人体杀菌能力首先要靠特异免疫抗体；同时亦不能缺乏c6-c9的补体成分及活性；另外则靠高浓度的免疫球蛋白a(1ga)及封闭细胞外特异的免疫球蛋白m(18m)及免疫球蛋白g(1gg)的杀菌作用。可见对已经发病的患者，在抗体产生前必须加强杀菌治疗。
机体的免疫反应在细菌入侵后即产生，但产生能预防人体不再受同群或同型菌感染而得到的保护性特异抗体球蛋白，起码要2周以后，血中免疫球蛋白m抗体开始下降而免疫球蛋白g抗体上升。这种保护抗体约在l一2月时在血清中达高峰并同时发挥免疫效益。观察发现，病后60天免疫球蛋白m抗体已见消失，而免疫球蛋白g抗体仍能保持上升趋势。如人体内血清中具有2微克/毫升的特异性抗流脑菌的抗体，就能不发病，但这种抗体水平尚不能完全消除鼻咽部的带菌状态。